Cuộc chiến xứ Ireland

Được quân Pháp hỗ trợ, cựu vương James II đổ bộ lên xứ Ireland vào tháng 3 năm 1689.[116] Phần lớn nhân dân Ireland tỏ ra trung thành với ông.[117] Quốc hội Ireland không theo chân Quốc hội Anh; họ tuyên bố rằng James II vẫn là Quốc vương và thông qua một lệnh tước quyền công dân và tịch thu tài sản quy mô lớn, để chống lại những người nổi dậy chống lại ông.[118] Theo sự đề nghị của ông, Quốc hội Ireland thông qua Đạo luật Tự do Đức tin, theo đó mọi quyền tự do tôn giáo của tất cả các tín đồ Công giáo và Kháng Cách được hoan nghênh tại xứ Ireland.[119] James II cũng tiến hành xây dựng một đội quân tại xứ Ireland, nhưng cuối cùng bị đánh bại trong trận đánh tại sông Boyne vào ngày 1 tháng 7 năm 1690 khi vua William III thân chinh kéo quân đến đánh tan tác quân của James II và củng cố quyền cai trị nước Anh.[120] Một lần nữa, James II trốn sang Pháp, ông khởi hành từ Kinsale và sẽ không bao giờ quay về bất kỳ một Vương quốc cũ nào của mình.[120] Do ông bỏ rơi những người Ireland ủng hộ ông, nhân dân Ireland gọi ông là Séamus an Chaca hay "tên James đáng bị phỉ nhổ ".[121]

Lại lưu vong tại Pháp

Tại Pháp, James được phép sinh sống tại Cung điện Hoàng gia Saint-Germain-en-Laye.[122] Vợ của ông và một số người ủng hộ ông cùng trốn chạy với ông, trong số đó có Bá tước của Melfort; phần lớn trong số họ đều là tín đồ Công giáo, nhưng không phải tất cả bọn họ.[123] Vào năm 1692, đứa con cuối cùng của James là Louisa Maria Teresa ra đời.[124] Một số người ủng hộ ở Anh Quốc âm mưu ám sát vua William III nhằm phục hồi ngôi vua cho James vào năm 1696, nhưng âm mưu này thất bại và gây ra tác dụng ngược làm cho lòng yêu mến người Anh dành cho James thêm xói mòn.[125] Cùng năm đó, vua Louis XIV có đề nghị bầu cử James làm vua của Ba Lan, nhưng bị từ chối vì James lo sợ rằng việc ông đội chiếc Vương miện Ba Lan có thể làm cho ông không thể là vua nước Anh trong tâm trí nhân dân lúc ấy. Sau khi vua Pháp làm hòa với vua William III vào năm 1697, ông ta ít giúp đỡ James hơn hẳn.[126]

Trong những năm tháng cuối đời, James sinh sống như một người sám hối khắc khổ.[127][127] Ông viết một truyền ký cho con trai mình để chỉ bảo việc cai trị Anh Quốc, trong đó ông chỉ ra rằng tín đồ Công giáo cần phải nắm giữ một chức Thượng thư, một chức Ủy viên Tài chính, Bộ Chiến tranh và đa số các Sĩ quan trong Quân đội.[128] James qua đời vì một cơn xuất huyết não vào ngày 16 tháng 9 năm 1701 tại Saint-Germain-en-Laye.[129] Xác của ông được đặt trong một quan tài tại Nhà nguyện Thánh Edmund trong Nhà thờ những người Anh tu theo dòng thánh Bênêđictô ở phố Saint-Jacques, Paris. Trong tang lễ của ông, tu sĩ Henri-Emmanuel de Roquette là người đọc bài điếu văn.[129] Vào năm 1734, Tổng Giám mục thành Paris mở án tìm chứng cớ để phục vụ cho việc phong James làm Thánh, nhưng rồi chẳng có chuyện gì xảy ra sau đó.[129] Trong cuộc Cách mạng Pháp, lăng mộ của James bị cướp phá và hài cốt của ông bị giày xéo đến mức hầu như không còn chút gì tồn tại tới ngày nay.[130]